Почти 20 години, от 997 до 1014 г., на българския престол стои цар Самуил. От всички средновековни владетели на България само за него има открит гроб и запазени тленни останки. Костите му днес са в Музея на византийската култура в Солун, а историци, археолози и българските институции периодично поставят въпроса да бъдат върнати у нас.

Самуил се ражда около 950–960 г. и е най-младият от синовете на комит Никола и Рипсимия. Братята му са Давид, Мойсей и Арон, а с него започва редицата на владетелите от рода на Комитопулите.

Цар Петър умира през 970 г. и четиримата братя управляват заедно. Те признават цар Борис Втори при връщането му от Цариград, но през 971 г. Византия завзема Североизточна България и отвежда Борис Втори в плен. Тогава братята застават начело на свободните земи западно от река Искър.

В това четиривластие на Самуил се пада най-северният дял с център Видин. През 976 г. участва в отхвърлянето на византийската власт и воюва северно от Стара планина. След смъртта на Давид и Мойсей оглавява държавата.

През 977 г. приема във Видин Роман, син на цар Петър, признава го за цар и става негов пръв пълководец. Столицата е преместена в Скопие.

Между 977 и 983 г. българските войски овладяват Тесалия и превземат Лариса след тригодишна обсада. На 17 август 986 г. при прохода Траянови врата българите, водени от Самуил заедно с брат му Арон и с цар Роман, разгромяват византийците. Василий Втори бяга във Филипопол, днешния Пловдив, а според хронистите изоставя императорската си палатка и знаците на достойнството си. Победата укрепва увереността на Самуил във войската му и затвърждава мястото му начело на българите.

През 991 г. започват нови военни действия и цар Роман е пленен. През 996 г. Самуил стига с поход до Термопилите, но на връщане е разбит при река Сперхей.

След смъртта на Роман през 997 г. не остава наследник от Симеоновия род и Самуил е избран за цар. Столицата му е в Преспа, по-късно в Охрид.

През 998 г. напада Сръбското княжество, подчинява Зета, Дукла и Требине и пленява княз Иван-Владимир. Целта е сърбите да не бъдат използвани като съюзник на Византия в българския тил.

По това време Самуил получава признание на короната си от папския престол и сключва съюз с Унгария, като жени сина си Гаврил-Радомир за дъщерята на унгарския крал Геза. Дъщеря си Косара омъжва за Иван-Владимир, когото връща в Зета като управител. Другата си дъщеря, Мирослава, дава за съпруга на пленения византийски военачалник Ашот Таронит и го праща за управител на Драч.

От 1001 г. Византия започва да си връща загубеното. През същата година завладява повторно Североизточна България, през 1002 г. взема Тесалия, а през 1003–1004 г. византийците обсаждат и превземат Видин. За да отклони силите им от Видин, Самуил прави поход в Източна Тракия и овладява Одрин. Василий Втори превзема Скопие, но при Перник е отблъснат с тежки загуби.

Самуил води и два похода срещу Солун. Военните действия продължават до 1013 г. без решително сражение.

Армията му вдига широка дема, тоест стена преграда, в клисурата между планините Беласица и Огражден, при днешното село Ключ до Петрич. На 29 юли 1014 г. византийците заобикалят укреплението, удрят българите в гръб в северното подножие на Беласица и Самуил отстъпва.

По заповед на Василий Втори около 14 000 пленени български войници са ослепени. На всеки сто е оставян по един с едно око, за да води останалите, и всички са върнати при царя. За тази жестокост Василий Втори получава прозвището „българоубиец“.

При вида на ослепените си войници Самуил умира от сърдечен удар на 6 октомври 1014 г. Според съвременниците си той е ненадминат по сила и храброст и човек, който никога не е знаел покой. Управлението му минава в продължителна борба за българската държавност срещу Византия, като удържа атаките на Василий Втори и му нанася сериозни поражения.

Гробът на царя е открит през 1969 г. в базиликата „Св. Ахил“ на остров Свети Ахил в Малкото Преспанско езеро, днес в Гърция. Разкопките прави гръцкият археолог и византолог проф. Николаос Муцопулос, който по собствения си разказ попада на гроба случайно.

В базиликата са намерени четири саркофага и Муцопулос предполага, че единият е на Самуил. Антропологичните данни за предполагаемите кости показват ръст около 1,60 м и смърт на около 70-годишна възраст. За разпръснатите кости в един от другите гробове гръцкият учен заключава, че са на сина на Самуил, цар Гаврил-Радомир, убит през 1015 г., и на децата му.

Храмът на острова е по-стар от самия Самуил. В края на 9 век по заповед на княз Борис Първи Покръстител там е построен един от най-големите храмове на новопокръстена България. Век по-късно островът става любима резиденция на Самуил и той издига на него дворци. След падането на Велики Преслав храмът става катедрала на българския патриарх, който търси спасение в западните предели на държавата. Островът е свидетел на най-драматичните моменти от края на Първото българско царство.

През декември 2003 г. българските зрители видяха първите кадри на български телевизионен екип от остров Св. Ахил в документалния филм „Островът на цар Самуил“ с автор Горан Благоев и режисьор Ралица Димитрова.

На 15 март 2004 г. в двора на къща в петричкото село Самуилово откриха каменна плоча с размери около 65 на 70 см. На нея в три реда стои текстът „Самуил цар и самодържец всем болгаром“, а вдясно е изсечен по-голям кръст. Надписът разчете ст.н.с. д-р Стефан Смядовски, авторитет по епиграфски паметници, според когото текстът, макар и кратък, носи ценни исторически данни. Десет дни след откриването плочата беше дарена на Историческия музей в Благоевград.

На 13 февруари 2007 г. в Националната библиотека „Св. св. Кирил и Методий“ в София представиха българското издание на монографията на проф. Муцопулос „Базиликата „Свети Ахилий“ в Преспа“ с предговор на проф. Василка Тъпкова-Заимова. Книгата е над 300 страници, богато илюстрирана, издадена през 1999 г. на гръцки и на други езици, и обобщава проучванията на автора за Преспа. В нея подробно са разгледани надписите от централната апсида, сред които и гръцки надпис с текст от псалм, датиран и разчетен от предишни изследвачи.

На 6 октомври 2014 г., за 1000-годишнината от кончината на владетеля, президентът Росен Плевнелиев се поклони пред тленните останки на Самуил в Солун и положи венец. По молба на българската държава костите бяха изложени за поклонение за първи път.