Почти 20 лет, с 997 по 1014 год, болгарский престол занимал царь Самуил. Из всех средневековых болгарских правителей только у него нашли могилу и только его останки сохранились до наших дней. Сегодня его кости хранятся в Музее византийской культуры в Салониках, а историки, археологи и болгарские власти периодически поднимают вопрос об их возвращении на родину.

Самуил родился примерно в 950–960 году и был самым младшим из сыновей комита Николы и Рипсимии. Его братья — Давид, Моисей и Аарон. Именно с Самуила начался род правителей, известных как Комитопулы.

Царь Петр умер в 970 году, и власть перешла к четырем братьям. Они признали царем Бориса Второго после его возвращения из Константинополя, но в 971 году Византия захватила Северо-Восточную Болгарию и увела Бориса Второго в плен. Тогда братья встали во главе свободных земель западнее реки Искыр.

При разделе власти между четырьмя братьями Самуилу достался самый северный удел с центром в Видине. В 976 году он участвовал в восстании против византийской власти и воевал к северу от Стара-Планины. После смерти Давида и Моисея он возглавил государство.

В 977 году Самуил принял в Видине Романа, сына царя Петра, признал его царем и сам стал его первым военачальником. Столицу перенесли в Скопье.

Между 977 и 983 годами болгарские войска заняли Фессалию и после трехлетней осады взяли Ларису. 17 августа 986 года у перевала Траяновы врата болгары, которыми руководил Самуил вместе с братом Аароном и царем Романом, разгромили византийцев. Василий Второй бежал в Филиппополь — современный Пловдив — и, по свидетельству летописцев, бросил императорский шатер и знаки своей власти. Эта победа укрепила веру Самуила в свое войско и закрепила за ним место во главе болгар.

В 991 году начались новые военные действия, и царь Роман попал в плен. В 996 году Самуил дошел с войском до Фермопил, но на обратном пути потерпел поражение у реки Сперхей.

После смерти Романа в 997 году наследников из рода Симеона не осталось, и царем выбрали Самуила. Его столицей стала Преспа, позже — Охрид.

В 998 году он напал на Сербское княжество, подчинил себе Зету, Дуклю и Требине и взял в плен князя Иоанна-Владимира. Он хотел не дать Византии использовать сербов как союзника в тылу Болгарии.

В это время Самуил добился от папского престола признания своей короны и заключил союз с Венгрией, женив сына Гавриила-Радомира на дочери венгерского короля Гезы. Свою дочь Косару он выдал замуж за Иоанна-Владимира, которого вернул в Зету как правителя. Другую дочь, Мирославу, он отдал в жены пленному византийскому полководцу Ашоту Таронити и отправил его управлять Диррахием.

С 1001 года Византия начала возвращать утраченные земли. В том же году она снова захватила Северо-Восточную Болгарию, в 1002 году взяла Фессалию, а в 1003–1004 годах византийцы осадили и захватили Видин. Чтобы отвлечь их силы от Видина, Самуил совершил поход в Восточную Фракию и занял Адрианополь. Василий Второй взял Скопье, но под Перником был отброшен с тяжелыми потерями.

Самуил провел еще два похода на Салоники. Военные действия продолжались до 1013 года без решающего сражения.

Его армия возвела широкий вал — стену-заграждение — в теснине между горами Беласица и Огражден, у нынешнего села Ключ возле Петрича. 29 июля 1014 года византийцы обошли укрепление, ударили болгарам в тыл у северного подножия Беласицы, и Самуил отступил.

Василий Второй приказал ослепить около 14 000 пленных болгарских воинов. Из каждой сотни одного оставляли с одним глазом, чтобы он вел остальных, и всех отправили обратно к царю. За эту жестокость Василий Второй получил прозвище «Болгаробойца».

При виде своих ослепленных воинов Самуил умер от сердечного приступа 6 октября 1014 года. По словам современников, он не имел равных в силе и храбрости и никогда не знал покоя. Его правление прошло в долгой борьбе за болгарскую государственность против Византии: он сдерживал натиск Василия Второго и не раз наносил ему серьезные поражения.

Могилу царя нашли в 1969 году в базилике Святого Ахилла на острове Святого Ахилла на Малом Преспанском озере, которое сейчас находится в Греции. Раскопки вел греческий археолог и византолог профессор Николаос Муцопулос, который, по его собственным словам, наткнулся на могилу случайно.

В базилике нашли четыре саркофага, и Муцопулос предположил, что один из них принадлежит Самуилу. Антропологические данные по предполагаемым костям показывают, что рост был около 1,60 метра, а умер человек в возрасте около 70 лет. Разрозненные кости в одной из других гробниц греческий ученый приписал сыну Самуила, царю Гавриилу-Радомиру, убитому в 1015 году, и его детям.

Храм на острове старше самого Самуила. В конце IX века по приказу князя Бориса Первого Крестителя там построили один из крупнейших храмов недавно крещеной Болгарии. Век позже остров стал любимой резиденцией Самуила, и он возвел на нем дворцы. После падения Великого Преслава храм стал кафедральным собором болгарского патриарха, который искал спасения на западе страны. Остров стал свидетелем самых драматичных моментов конца Первого Болгарского царства.

В декабре 2003 года болгарские зрители впервые увидели остров Святого Ахилла в кадрах болгарской телегруппы — в документальном фильме «Остров царя Самуила» автора Горана Благоева и режиссера Ралицы Димитровой.

15 марта 2004 года во дворе дома в селе Самуилово под Петричем нашли каменную плиту размером примерно 65 на 70 см. На ней в три строки выбита надпись «Самуил царь и самодержец всем болгарам», а справа вырезан крест большего размера. Надпись прочитал старший научный сотрудник доктор Стефан Смядовски, специалист по эпиграфическим памятникам. По его словам, текст короткий, но содержит ценные исторические данные. Через десять дней после находки плиту передали в дар Историческому музею в Благоевграде.

13 февраля 2007 года в Национальной библиотеке имени Святых Кирилла и Мефодия в Софии представили болгарское издание монографии профессора Муцопулоса «Базилика Святого Ахиллия в Преспе» с предисловием профессора Василки Тыпковой-Заимовой. Книга вышла в 1999 году на греческом и других языках, в ней больше 300 страниц и много иллюстраций. Она обобщает исследования автора о Преспе. В ней подробно разобраны надписи из центральной апсиды, в том числе греческая надпись с текстом псалма, датированная и прочитанная ранее другими исследователями.

6 октября 2014 года, в тысячную годовщину смерти правителя, президент Росен Плевнелиев поклонился мощам Самуила в Салониках и положил венок. По просьбе Болгарии кости впервые выставили для поклонения.