Захарий Стоянов родился в 1850 году в Медвене. Начинал простым пастухом, а в Апрельском восстании был помощником апостола в IV Пловдивском революционном округе. Он пережил ужасы турецких тюрем, а позже написал трёхтомные «Записки о болгарских восстаниях» (1884–1892).

Эти книги стали главным мемуарным источником об Апрельском восстании. Стоянов изнутри описал, как оно готовилось и как было разгромлено, рассказал о его героях и жертвах.

Зрелые годы Стоянова пришлись на Объединение 1885 года. Он был председателем Болгарского тайного центрального революционного комитета и одним из организаторов Объединения. В печати он резко критиковал политику России. В письме Драгану Цанкову от 13 февраля 1886 года он писал: «Даже если бы нам не удалось никакое объединение 6 сентября, одно только освобождение от русских офицеров уже велико само по себе». Он выступал против политики российского правительства в отношении Болгарии.

Жизнь Стоянова внезапно оборвалась 2 сентября 1889 года в Париже, куда он ехал на Всемирную выставку. Скорее всего, он умер от прободной язвы желудка. Ему было всего 38 или 39 лет.