През март 1941 година политическият профил на Димитър Пешев е изцяло обвързан с официалния държавен курс. Като заместник-председател на Народното събрание, той гласува за присъединяването на България към Тройствения пакт. В онзи момент това решение изглежда като прагматичен избор за политическия елит, целящ да избегне директен военен конфликт. Пешев е част от властовата структура, човек, който гради кариерата си в министерски кабинети и парламентарни зали, вярвайки в държавността като висша ценност.

Въпреки това, събитията от 1943 година променят траекторията на неговия живот и поставят под въпрос всичко, което е градил до този момент. Когато става ясно, че държавната администрация подготвя депортацията на еврейското население, Пешев проявява непокорство, което се оказва фатално за политическата му кариера. Той не се ограничава с тихи възражения, а предприема конкретни действия, за да спре държавния механизъм, който дотогава е подкрепял.

Организовал письмо 43 депутатов (17.03.1943), сорвавшее депортацию болгарских евреев; Праведник народов мира (1973). Това писмо, връчено на министър-председателя Богдан Филов на 19 март, е преломният момент. То е открито предизвикателство към правителствената политика, което Пешев аргументира с моралните си убеждения и разбирането си за справедливост. Реакцията на властта е незабавна и безкомпромисна: само пет дни по-късно, на 24 март 1943 година, той е отстранен от поста заместник-председател на Народното събрание.

Това решение бележи края на неговия възход и началото на политическата му изолация. Оптимизмът, че може да промени системата отвътре, се сблъсква с реалността на репресивния апарат. След промяната на политическия режим през 1945 година, съдбата му се пречупва окончателно. Димитър Пешев се изправя пред Народния съд – институция, която преобръща логиката на предходните години. Макар обвинението да настоява за смъртна присъда, той е осъден на 15 години затвор за участието си в дотогавашния прогермански режим.

Въпреки че е освободен година по-късно, през 1946 година, Пешев остава трайно изключен от обществения живот. До края на дните си той е лишен от възможността да практикува професията си на юрист, което го обрича на материална немощ и пълно забвение в очите на официалната власт. Неговият път от висшите етажи на властта до социалната изолация отразява драматизма на една епоха, в която моралният избор е имал висока и често болезнена цена, далеч отвъд политическите идеологии на времето.