През март 1941 година политическият профил на Димитър Пешев е изцяло обвързан с официалния държавен курс. Като заместник-председател на Народното събрание той гласува за присъединяването на България към Тристранния пакт.
Когато става ясно, че държавната администрация подготвя депортацията на еврейското население, Пешев проявява непокорство, което се оказва фатално за политическата му кариера. Той не се ограничава с тихи възражения, а предприема конкретни действия, за да спре държавния механизъм, който дотогава е подкрепял.
На 17 март 1943 г. Пешев поема инициативата за протестно писмо срещу депортацията на евреите, което за два дни подписват 43 депутати от управляващото мнозинство. Това писмо, връчено на министър-председателя Богдан Филов на 19 март, е преломният момент. То е открито предизвикателство към правителствената политика, което Пешев аргументира с правни и морални доводи. Само пет дни по-късно, на 24 март 1943 година, той е отстранен от поста заместник-председател на Народното събрание.
Това решение бележи края на неговия възход и началото на политическата му изолация. Димитър Пешев се изправя пред Народния съд – институция, която преобръща логиката на предходните години. През 1945 г. той е осъден на 15 години строг тъмничен затвор, три милиона лева глоба и конфискация на имуществото за „фашистка дейност и антисемитизъм“.
Въпреки че е освободен след 13 месеца, през 1946 година, Пешев остава трайно изключен от обществения живот. До края на дните си той живее в изолация и бедност, което го обрича на материална немощ и пълно забвение в очите на официалната власт. Неговият път от висшите етажи на властта до социалната изолация отразява драматизма на една епоха, в която моралният избор е имал висока и често болезнена цена, далеч отвъд политическите идеологии на времето.