Върхове в каноничното служение
В началото на 1945 година Българската православна църква се изправя пред историческа възможност за промяна на своя статут. На 21 януари 1945 година софийският митрополит Стефан е избран за екзарх Български. Този избор не е просто административен акт, а кулминация на дългогодишни усилия за възстановяване на пълноценното общение на българската църква с останалия православен свят. Само месец по-късно, на 22 февруари 1945 година, усилията на екзарха се увенчават с успех – схизмата, тегнела над българската църква от 1872 година, е окончателно свалена с посредничеството на Московската патриаршия. Това събитие връща Българската православна църква в семейството на източноправославните църкви, признавайки нейната автокефалия и авторитет.
Държавническата роля на Църквата
Периодът на екзаршеството на Стефан I е белязан от опити за запазване на независимостта и влиянието на институцията в условията на динамично променящ се държавен строй. Екзархът, чието име вече е вписано в историята с активната му позиция за спасяването на българските евреи през 1943 година, продължава да упражнява своето влияние, надхвърлящо тясно религиозните рамки. В неговата дейност прозира разбирането, че Църквата е морален стълб на обществото, който не може да бъде пренебрегнат дори при смяна на управленските парадигми.
Конфликтът с властта
Въпреки международното признание и успеха в каноничното уреждане на статута на църквата, позицията на екзарх Стефан се оказва в пряк разрез с новите политически реалности в България. Противоречията между ръководството на църквата и комунистическата власт се изострят с времето. Екзархът, който държи на автономията на църковните дела, постепенно губи възможността да маневрира в една все по-стесняваща се политическа среда.
Финалът на неговото служение идва рязко. На 6 септември 1948 година, под интензивен натиск от страна на комунистическите власти, Екзарх Стефан I е принуден да подаде своята оставка. Този акт бележи края на едно влияние, което не се вписва в изискванията за подчинение на институциите към партийната идеология. Отстраняването му не спира дотук – той е изпратен в принудително изгнание в село Баня, разположено край Карлово. Наложена му е строга забрана да се завръща в София, което де факто го изолира от обществения и църковния живот в столицата, където той е служил в продължение на десетилетия. С това приключва активната фаза на неговата кариера, оставяйки го в забвението на провинциалната изолация, далеч от катедрата, на която е отдал живота си.