Институцията с над столетна традиция започва своя път през 1912 година като амбициозен проект на местни интелектуалци, обединени в Археологическото дружество „Дебелт". Първоначално воден от визионера Павел Воденичаров, музеят постепенно се трансформира от частна колекция в авторитетен научен комплекс.
Ключов момент в еволюцията му настъпва през 1946 година, когато под ръководството на археолога д-р Иван Гълъбов институцията придобива статут на „Народен музей". Този период бележи началото на систематичното изграждане на съвременната музейна концепция в региона, поставяйки солидни основи за бъдещото развитие.
Административната трансформация продължава през 1953 година, когато музеят получава окръжен статут. Решаващ етап настъпва през 2000 година, когато с правителствено постановление той официално се утвърждава като регионален, поемайки отговорността за цялостното културно-историческо наследство на Бургаска област.
Структурата на музея обхваща четири специализирани експозиции, всяка разположена в самостоятелна историческа сграда в градския център. Археологическият музей представя уникални находки от черноморските градове, включително най-ранната статуя, открита на българска земя. Етнографската колекция, позиционирана в автентичния дом на Браколови от 1873 година, пресъздава бита и традициите от края на XIX и първата половина на XX век.
Природонаучната експозиция предлага задълбочен поглед върху геологията, фауната и флората на Странджа и бургаските влажни зони. Чрез иновативни образователни програми музеят активно ангажира младото поколение, организирайки летни ученически клубове и специализирани инициативи.
Понастоящем институцията разполага с внушителен фонд от над 100 000 артефакта, обхващащи археологически, етнографски и природни колекции. Научноизследователската дейност включва мащабни проучвания на средновековни обекти като Русокастро, антични терми и остров Свети Иван.
Музеят успешно съчетава научната прецизност с туристическа атрактивност, превръщайки се в значим културен център. Неговата мисия надхвърля простото съхранение на експонати – той активно популяризира регионалното наследство, провокира интереса към локалната история и подпомага образователния процес.
С професионализъм и иновативен подход, Регионалният исторически музей – Бургас продължава да разширява своето влияние, утвърждавайки се като водещ културен институт в Югоизточна България през 21-ви век.